법인세 신고 이후 장부 확인시 세액 다시 정해야
권익위, 실질과세원칙 강조 

법인세 신고기한을 지나 과세관청이 세액을 결정했더라도, 나중에 장부가 확인되면 이를 근거로 세액을 다시 결정해야 한다는 판단이 나왔다.

국민권익위원회는 법인 대표자가 작성한 장부상 금액의 사실 여부를 확인해 2018 사업연도 법인세와 법인 대표자에 대한 상여처분 취소 여부를 결정할 것을 과세관청에 권고했다고 31일 밝혔다.

권익위에 따르면 법인 대표자인 A씨는 경영상 어려움으로 2018년에 폐업하면서 법인세를 신고하지 못했다.

이에 과세관청은 해당 법인의 2018 사업연도 법인세를 추계 결정하고 법인의 소득을 A씨의 소득으로 간주해 상여처분 했다. 장부와 기타 증빙서류가 미비해 소득금액을 계산할 수 없는 경우 과세관청이 업종별 표준소득률 등에 의해 과세표준과 세액을 결정하는 방식이 적용된 것이다. 

A씨는 과세관청으로부터 종합소득세가 부과되자 해당 법인의 2018 사업연도 계정별 원장을 작성해 과세관청에 제출하고 이에 근거해 법인세를 결정해 달라고 요청했다.

그러나 과세관청은 세액을 결정한 이후에 장부를 제출했고 당시 불복신청도 하지 않았다며 A씨의 요구를 들어주지 않았다.

이에 A씨는 “장부가 진실된 것이니 2018 사업연도 법인세를 장부에 근거해 결정하고 상여처분을 취소해 달라”며 국민권익위에 고충민원을 제기했다.

국민권익위의 조사 결과, 과세관청이 추계로 세액을 결정하기 전에 해당 법인은 과세관청에 일용근로소득지급내역을 신고했다.

과세관청이 추계로 세액을 결정한 후 A씨가 작성한 계정별 원장과 근로소득지급명세서상에는 거래처, 지급금액, 지급일자, 등이 구체적으로 기재돼 있었다.

또 계정별 원장에 계상된 비용 중 일부는 해당 법인이 신고한 부가가치세 매입세금계산서 합계표 등에서 확인이 가능했다.

이에 국민권익위는 장부상 금액이 사실인지를 확인해 2018 사업연도 법인세와 A씨에 대한 상여처분 취소 여부를 결정하는 것이 타당하다고 결정했다.

권익위 안준호 고충처리국장은 “앞으로도 납세자에게 억울한 세금이 부과되는 일이 없도록 세밀하게 민원을 처리해야 한다”고 말했다. 중기이코노미 이창호 기자
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