제조업을 영위하는 법인 A사는 한국산업기술진흥협회에서 기업부설연구소를 인정받았다. 이후 이 회사는 2년이상 기업부설연구소 변경사항을 신고하지 않아, 협회가 일정한 기한까지 변경신고를 할 것을 안내했다. 하지만 이를 이행하지 않아, 연구소 인정요건이 미달되거나 연구개발 활동이 없는 것으로 간주돼 회사의 기업부설연구소 인정이 취소됐다.
2년 후 A사는 기업부설연구소를 재신청해 인정받았다. 하지만 세무당국은 인정취소가 된 후 재차 인정받기까지의 기간인 사업연도에는 자체 기술개발비에 대한 연구·인력개발비 세액공제를 적용받을 수 없다며, 해당 사업연도의 법인세를 회사에 경정·고지했다.
조용립 공인회계사는 전자연구노트 전문기업 레드윗이 최근 개최한 ‘기업부설연구소 운영방안’ 세미나에서 “세액공제 등 다양한 혜택을 받을 수 있는 기업부설연구소 인정제도는, 그만큼 준수해야 할 사항이 많다”며, “인정취소 사유로 인해 기업부설연구소 인정이 취소되면 공제받았던 세액이 추징되므로 주의해야 한다”고 말했다.
인정된 기업부설연구소는 매년 4월까지 실적보고인 연구개발활동조사표를 한국산업기술진흥협회에 제출해야 한다. 실적보고를 제출하지 않은 경우 기업부설연구소 인정이 취소된다. 또, 연구전담요원 수 등 신고한 내용의 변경사항이 발생하면 변경된 날로부터 30일 이내 온라인으로 변경신고를 해야한다.
기업부설연구소는 ▲연구전담요원 등의 겸직 금지 의무 ▲연구전담요원의 근무지 요건 ▲연구활동 외 종사자 상시 보유 의무 ▲연구개발활동 실적 제출 의무 ▲소재지에 대한 요건사항 등을 준수해야 한다.
◇기업부설硏 사후관리 안하면 인정취소=한국산업기술진흥협회는 신고된 연구소·전담부서의 연구개발활동 수행여부와 인정요건 구비여부를 확인하기 위해 상시적으로 현지확인을 한다. 사후관리는 자료요청 또는 현지확인 등을 통해 실시하고, 확인 결과에 따라 변경신고, 인정취소 등의 조치가 이뤄진다.
조 회계사는 신고된 내용처럼 실제 운영되고 있는지의 확인을 위해 사후관리를 실시하며, 연구소 보유기업은 사후관리 관련 문서를 제출하거나 확인 요구시 언제든지 제출할 수 있어야 한다고 했다.
사후관리 관련 문서는 설립 및 변경신고 서류 사본, 연구전담요원 자격증명 서류 및 인사발령 서류, 연구노트·사업계획서·결과보고서 등 연구개발 활동을 수행하고 있음을 증명할 수 있는 문서 등이 있다. 필요시 4대 사회보험 사업장 가입자 명부, 중소기업확인서 사본, 벤처기업확인서 사본 등의 제출을 요구할 수도 있다.
◇연구요원, 생산·영업 등 활동해선 안돼=기업부설연구소 등의 인정이 취소되는 경우는 ▲거짓 또는 부정한 방법으로 인정을 받거나 변경신고를 한 경우 ▲해당 기업이 인정취소를 요청한 경우 ▲해당 기업이 폐업하거나 기업부설연구소 등의 폐쇄 사실이 확인된 경우 ▲기업부설연구소 인정기준에 미달돼 과학기술정보통신부 장관이 그 보완을 명한 날로부터 1개월이 지날 때까지 미달된 사항을 보완하지 않은 경우 ▲변경사유가 발생한 날부터 1년 이내에 변경신고를 하지 않은 경우 ▲기업부설연구소의 연구개발 활동이 없다고 과기부 장관이 인정한 경우 ▲기업부설연구소가 연구활동 요건 및 인적물적 요건 준수사항을 위반한 경우 등이다.
조 회계사는 “기업부설연구원 소속 연구요원은 연구개발활동 외에 생산, 영업, 마케팅 등의 활동을 수행해서는 안된다”며, “추후 세무조사 시 업무일지, 출장일지, 연구노트 등을 살펴보고 연구요원이 다른 업무를 겸직한 것이 발견되면 추징하는 사례가 많다”며 주의를 당부했다. 중기이코노미 채민선 기자
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